A közeljövőben egy japán tudós kifejleszt egy harci páncélt, az úgynevezett Infinite Stratost (IS), melynek technológiája és a harci képességei sokkal fejlettebbek, mint bármely más fegyverrendszeré a világon, így az IS azzal fenyeget, hogy destabilizálja a világ erőviszonyait. Szembesülve a fegyver pusztító erejével a világ nemzetei aláírják az Alaszka Szerződést, amely kimondja, hogy IS soha nem használható katonai célokra, sőt, a meglévő technológiát meg kell osztani a nemzetek között, annak megakadályozására, hogy egy nemzet dominánssá váljon. Mivel IS-t csak a nők tudják működtetni, a hatalmi egyensúly a férfiak és a nők között felbomlott, a társadalom irányítását a nők vették át. Tíz évvel az első IS bemutatása után a világ egy sosem látott békekorszakba lépett, ám az idillt megzavarta egy váratlan felfedezés. A japán kormány felfigyelt egy 15 éves fiúra, Ichika Orimurára, akiről kiderült, hogy képes irányítani az IS-eket, így a kormány arra kötelezte a fiút, hogy jelentkezzen a rangos Infinite Stratos Akadémiára, ahol a világ minden tájáról érkező pilótákat képzik ki. Így Ichika Orimura megkezdte tanulmányait egy lányoktól hemzsegő iskolában.